In seguito il patrimonio strumentale ebbe accrescimenti e depauperamenti. Nel 1869 quanto restava fu dato in deposito al Museo Civico. Dopo l'ultima guerra, attraverso la quale gli strumenti passarono indenni, Licisco Magagnato, direttore del Museo di Castelvecchio, riorganizzando le civiche raccolte, li restituì alla Filarmonica. Essi furono temporaneamente collocati nella Biblioteca Capitolare insieme ai libri che la previdenza di monsignor Giuseppe Turrini (m. 1978), insigne bibliotecario della Capitolare e della Filarmonica, e del presidente ing. Alberto Tantini (m. 1973) avevano allontanato verso la metà del 1944 dal Teatro, nel cui rogo per bombardamento aereo (notte del 23 febbraio 1945) sarebbero altrimenti bruciati.
Nel luglio 1969, esattamente dopo un secolo, gli strumenti ritornarono nella loro sede dove erano stati fin dai primi anni del Seicento. Avevano urgente bisogno di restauro e l'Accademia, nonostante i gravosi impegni finanziari assunti per la ricostruzione del Teatro, accolse subito la richiesta del bibliotecario-conservatore dr. Enrico Paganuzzi (m. 2000). John Henry van der Meer, conservatore egli strumenti musicali del Germanisches Nationalmuseum di Norimberga venne a Verona ai primi di gennaio 1970 e consigliò di affidare il restauro a Rainer Weber di Uber Landshut. Gli strumenti (legni) furono restaurati in tre riprese: prima i flauti dolci e i cromorni nel 1970-71, poi i flauti traversi e un cornetto muto nel 1971-72, infine gli altri cornetti muti, i cornetti curvi, i corni torti e il fagotto viennese nel 1973.
